عملیات جمع‌آوری اجساد قربانیان پرواز ۶۵۵ ایران ایر با بسیجِ کلیهٔ امکانات منطقهٔ یکم دریایی ارتش (بندرعباس) به‌همراه اعزام ۸۰ تَن غواص، دو فروند ناو (ناوهای تنب و لاوان)، دو فروند هواناو و چهار فروند بالگرد، بلافاصله پس از واقعه آغاز شد. بعد از جمع‌آوری اجساد، سریعاً جمع‌آوری قطعات هواپیما آغاز شد. این دو عملیات به صورت شبانه‌روزی و در مجموع به‌مدت ۵۲ روز انجام گرفت. دلایل زیر باعث طول کشیدن عملیات شده بود:
- دمای هوا در طول روز، به بیش از ۵۰ درجهٔ سلسیوس می‌رسید. قطعات اجساد به‌دلیل باقی ماندن در آب ورم کرده و حتی در تابوت جا نمی‌شدند و مسئولین ناچار شدند تا برای انتقال آنها از برانکاردهای توری استفاده کنند.
- به‌دلیل اصابت موشک دوم، ضمن پرتاب شدن مسافران به بیرونِ هواپیما، پوست سر و بدنِ آنها کَنده و گوشت بدن اکثر آنها نیز تکه‌تکه شده و در نهایت قطعات متلاشی شدهٔ بدن آنها در سطح وسیعی از دریا شناور شده بود.
- حاضرین در عملیات با صحنه‌های بسیار دل‌خراش و تکان‌دهنده‌ای روبرو می‌شدند. مثلاً، تکه‌های بدن مسافران بی‌گناه به دست و بدن غواصان می‌چسبید. شدت دل‌خراش بودن این صحنه‌ها طوری بود که بعضاً خبرنگارانی که تحمل مشاهدهٔ چنین صحنه‌هایی را نداشتند، دوربینشان را رها کرده و صحنه را ترک می‌کردند.
